位于東京西部的巨大“學(xué)園市”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬(wàn)人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，實(shí)施著超能力開發(fā)的殊課程，學(xué)生們的能力被給從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評(píng)價(jià)。高中生上條麻，也是住在學(xué)園都市的學(xué)之一。他由于隱藏在右手中力量——只要是異能之力，連神的加護(hù)都能消除的“幻殺手Imagine Breaker”，而被評(píng)價(jià)為名落孫山的“無能力京山，過著充不幸的人生。而上條的學(xué)生活，由于暑假開始時(shí)從天而的純白修女而發(fā)生了巨大的化。自從與逃離“魔法”世的她——“禁書目錄茵蒂克”相遇開始，上條就被卷入各種各樣的事件中。統(tǒng)率學(xué)都市的“科學(xué)”方、與茵蒂絲關(guān)聯(lián)的“魔法”方，在驚地解決雙方事件的過程中，的人際關(guān)系也逐步擴(kuò)展。之，魔法一方的十字教最大宗羅馬正教，終于注意到上條存在……。如同呼應(yīng)魔法方般，科學(xué)方的學(xué)園都市也有動(dòng)作。但也有與逐漸開始對(duì)的世界動(dòng)向抗?fàn)幍娜瞬粩喑?。那些通過與上條有所關(guān)聯(lián)而使命運(yùn)大為改變的“英雄們。他們挺身而出與世界對(duì)。如同上條當(dāng)麻做過的那樣科學(xué)與魔法第三次交織之時(shí)故事將大幅推進(jìn)！?