位于東京西部的巨大“學(xué)都市”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，實(shí)施著超能開發(fā)的特殊課程，學(xué)生們能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價(jià)。高中生上條當(dāng)麻，楮山住在學(xué)園都市的學(xué)生之一他由于隱藏在右手中的力——只要是異能之力，就神的加護(hù)都能消除的“幻殺手Imagine Breaker”，而被評價(jià)為名落孫山的“無能力?踢，著充滿不幸的人生。而上的學(xué)生生活，由于暑假開時(shí)從天而降的純白修女而生了巨大的變化。自從與離“魔法”世界的她——禁書目錄茵蒂克絲”相遇始，上條就被卷入了各種樣的事件中。統(tǒng)率學(xué)園都的“科學(xué)”方、與茵蒂克關(guān)聯(lián)的“魔法”方，在驚地解決雙方事件的過程中他的人際關(guān)系也逐步擴(kuò)展之后，魔法一方的十字教大宗派羅馬正教，終于注到上條的存在……。如同應(yīng)魔法方一般，科學(xué)方的園都市也有所動(dòng)作。但也與逐漸開始對立的世界動(dòng)抗?fàn)幍娜瞬粩喑霈F(xiàn)。那些過與上條有所關(guān)聯(lián)，而使運(yùn)大為改變的“英雄”們他們挺身而出與世界對峙如同上條當(dāng)麻做過的那樣科學(xué)與魔法第三次交織之，故事將大幅推進(jìn)！?